Secara geografis desa Long Rupan terletak pada 3.890624derajat LU dan 115.725781 derajat lintang Selatan dengan luas Wilayah kurang lebih 591 hektar  dengan Topografi terluas adalah daratan dengan persentase kawasan sbagai berikut :

1.     Kawasan hutan 62%

2.     Kawasan Perkebunan dan padang ternak 12%.

3.     Kawasan pemukiiman  5%

4.     Kawasan Pertanian /Persawahan 21%

Desa long Rupan termasuk wilaya pemukiman di dataran tinggi   yang berada pada ketinggian 1200 Mdpl, dengan suhu rata – rata 17 sampai 30 derajat selsius.

Desa Long Rupan berada dalam wilaya kecamatan Krayan Kabupaten Nunukan yang berbatasan langsung dengan :

1.     Sebelah Utara berbatasan dengan Desa Long matung

2.     Sebelah timur berbatasan dengan Desa Pa’ Matung dan Liang Biadung

3.     Sebelah Selatan berbatasan dengan desa Pa’Putuk

4.     Sebelah Barat berbatasan  Dengan desa Ma’ Libu Krayan barat